URL:http://plantregmap.cbi.pku.edu.cn/

Карта транскриционной регуляции у растений. PlantRegMap включает несколько типов регуляторных элементов полученных из высокопроизводительных экспериментальных тестов для шести видов (цис-карта, cis-map) и геномных регуляторных взаимодействий для 132 видов (сеть). (данные 2017г).
Jin JP, He K, Tang X, Li Z, Lv L, Zhao Y, Luo JC, Gao G. (2015). An Arabidopsis transcriptional regulatory map reveals distinct functional and evolutionary features of novel transcription factors. Molecular Biology and Evolution, 32(7):1767-1773.

URL:http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/

PlnTFDB (3.0) – это каталог всех генов растений, вовлеченных в контроль транскрипционной активности. PlnTFDB содержит 28193 моделей белков, 26184 различных белковых последовательности, собранных в 84 генных семейства.
Paulino Perez-Rodriguez; Diego Mauricio Riano-Pachon; Luiz Gustavo Guedes Correa; Stefan A. Rensing; Birgit Kersten; Bernd Mueller-Roeber. PlnTFDB: updated content and new features of the plant transcription factor database. Nucleic Acids Research 2009; doi: 10.1093/nar/gkp805

URL:http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/aboutus.php

База данных PlantTFDB 4.0 включает 165 видов, в том числе 89 вновь секвенированных видов, покрывая основные линии среди зеленых растений. Множество типов регуляторных элементов (в том числе, гиперчувствительные сайты к DNase I, геномные следы транскрипционных факторов (ТФ), пики связывания ТФ, модификации гистонов и позиции нуклеосом) получены из высокопроизводительных тестов.
Jin JP, Tian F, Yang DC, Meng YQ, Kong L, Luo JC and Gao G. (2017). PlantTFDB 4.0: toward a central hub for transcription factors and regulatory interactions in plants. Nucleic Acids Research, 45(D1):D1040-D1045.

URL:
http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/genenet/GeneBrowser.shtml

GeneNet — база данных регуляторных генных сетей, включая некоторые виды растений (ИЦиГ СО РАН, Новосибирск).

База данных гиперчувствительных сайтов к ДНКазе I у растений (Plant DNase I hypersenitive Sites — DHS). 3 модельных растения: Арабидопсис, рис, брахиподиум.
Zhang, T., Marand, A., Jiang, J.M. (2015) PlantDHS: a database for DNase I hypersensitive sites in plants. Nucleic Acids Res. 44: D1148-D1153 (2016)

База данных AthaMap предоставляет полногеномную карту сайтов связывания транскрипционных факторов и малых РНК у Arabidopsis thaliana. Функционал он-лайн инструмента RNA Targetsпозволяет определять идентификацию таргетных генов (генов-мишеней) для миРНК. Дополнительные инструменты: 190 скринированных последовательностей соответствуют 243 генов миРНК и набору геномных участков. Инструмент Small RNA Targets способен определять гены-мишени малых РНК из различных библиотек малых РНК. (Последнее обновление – 2018)

URL: http://bioinformatics.cs.vt.edu/

Веб-сервер Expresso предназначен для исследования взаимодействий транскрипционных факторов и их генов-мишеней у растений по данным ChIP-Seq. Expresso содержит 20 наборов данных ChIP-Seq из базы данных NCBI GEO.