{"id":158,"date":"2018-02-13T14:36:58","date_gmt":"2018-02-13T11:36:58","guid":{"rendered":"http:\/\/icg.nsc.ru\/plantgenomescollaboration\/?page_id=158"},"modified":"2019-10-31T08:12:25","modified_gmt":"2019-10-31T05:12:25","slug":"english-links-databases-on-transcription-regulation","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/sites.icgbio.ru\/plantgenomescollaboration\/english-links-databases-on-transcription-regulation\/","title":{"rendered":"\u0411\u0430\u0437\u044b \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0440\u0435\u0433\u0443\u043b\u044f\u0446\u0438\u0438 \u0442\u0440\u0430\u043d\u0441\u043a\u0440\u0438\u043f\u0446\u0438\u0438 \u0432 \u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u0430\u0445 \u0440\u0430\u0441\u0442\u0435\u043d\u0438\u0439"},"content":{"rendered":"

\u0420\u0435\u0433\u0443\u043b\u044f\u0446\u0438\u044f \u0442\u0440\u0430\u043d\u0441\u043a\u0440\u0438\u043f\u0446\u0438\u043e\u043d\u043d\u044b\u043c\u0438 \u0444\u0430\u043a\u0442\u043e\u0440\u0430\u043c\u0438 \u0443 \u0440\u0430\u0441\u0442\u0435\u043d\u0438\u0439.<\/p>\n

\u041e\u0431\u0449\u0438\u0435 \u0431\u0430\u0437\u044b \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445:<\/h3>\n\n\n\n\n\n
\n

\"\"<\/td>\n

\nPlant Transcriptional Regulatory Map.<\/strong><\/p>\n

URL:http:\/\/plantregmap.cbi.pku.edu.cn\/ <\/a><\/p>\n

\u041a\u0430\u0440\u0442\u0430 \u0442\u0440\u0430\u043d\u0441\u043a\u0440\u0438\u0446\u0438\u043e\u043d\u043d\u043e\u0439 \u0440\u0435\u0433\u0443\u043b\u044f\u0446\u0438\u0438 \u0443 \u0440\u0430\u0441\u0442\u0435\u043d\u0438\u0439. PlantRegMap \u0432\u043a\u043b\u044e\u0447\u0430\u0435\u0442 \u043d\u0435\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0442\u0438\u043f\u043e\u0432 \u0440\u0435\u0433\u0443\u043b\u044f\u0442\u043e\u0440\u043d\u044b\u0445 \u044d\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432 \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0438\u0437 \u0432\u044b\u0441\u043e\u043a\u043e\u043f\u0440\u043e\u0438\u0437\u0432\u043e\u0434\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u044d\u043a\u0441\u043f\u0435\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0442\u0435\u0441\u0442\u043e\u0432 \u0434\u043b\u044f \u0448\u0435\u0441\u0442\u0438 \u0432\u0438\u0434\u043e\u0432 (\u0446\u0438\u0441-\u043a\u0430\u0440\u0442\u0430, cis-map) \u0438 \u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u043d\u044b\u0445 \u0440\u0435\u0433\u0443\u043b\u044f\u0442\u043e\u0440\u043d\u044b\u0445 \u0432\u0437\u0430\u0438\u043c\u043e\u0434\u0435\u0439\u0441\u0442\u0432\u0438\u0439 \u0434\u043b\u044f 132 \u0432\u0438\u0434\u043e\u0432 (\u0441\u0435\u0442\u044c). (\u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 2017\u0433).
\nJin JP, He K, Tang X, Li Z, Lv L, Zhao Y, Luo JC, Gao G. (2015). An Arabidopsis transcriptional regulatory map reveals distinct functional and evolutionary features of novel transcription factors. Molecular Biology and Evolution, 32(7):1767-1773.\n<\/td>\n<\/tr>\n

\n\"\"<\/td>\n\nPlnTFDB (3.0)<\/strong><\/p>\n

URL:http:\/\/plntfdb.bio.uni-potsdam.de\/v3.0\/<\/a><\/p>\n

PlnTFDB (3.0) \u2013 \u044d\u0442\u043e \u043a\u0430\u0442\u0430\u043b\u043e\u0433 \u0432\u0441\u0435\u0445 \u0433\u0435\u043d\u043e\u0432 \u0440\u0430\u0441\u0442\u0435\u043d\u0438\u0439, \u0432\u043e\u0432\u043b\u0435\u0447\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0432 \u043a\u043e\u043d\u0442\u0440\u043e\u043b\u044c \u0442\u0440\u0430\u043d\u0441\u043a\u0440\u0438\u043f\u0446\u0438\u043e\u043d\u043d\u043e\u0439 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438. PlnTFDB \u0441\u043e\u0434\u0435\u0440\u0436\u0438\u0442 28193 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0435\u0439 \u0431\u0435\u043b\u043a\u043e\u0432, 26184 \u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u043d\u044b\u0445 \u0431\u0435\u043b\u043a\u043e\u0432\u044b\u0445 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438, \u0441\u043e\u0431\u0440\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0432 84 \u0433\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0441\u0435\u043c\u0435\u0439\u0441\u0442\u0432\u0430.
\nPaulino Perez-Rodriguez; Diego Mauricio Riano-Pachon; Luiz Gustavo Guedes Correa; Stefan A. Rensing; Birgit Kersten; Bernd Mueller-Roeber. PlnTFDB: updated content and new features of the plant transcription factor database. Nucleic Acids Research 2009; doi: 10.1093\/nar\/gkp805\n<\/td>\n<\/tr>\n

\n\"\"<\/td>\n\nPlantTFDB (4.0)<\/strong><\/p>\n

URL:http:\/\/planttfdb.cbi.pku.edu.cn\/aboutus.php <\/a><\/p>\n

\u0411\u0430\u0437\u0430 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 PlantTFDB 4.0 \u0432\u043a\u043b\u044e\u0447\u0430\u0435\u0442 165 \u0432\u0438\u0434\u043e\u0432, \u0432 \u0442\u043e\u043c \u0447\u0438\u0441\u043b\u0435 89 \u0432\u043d\u043e\u0432\u044c \u0441\u0435\u043a\u0432\u0435\u043d\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0432\u0438\u0434\u043e\u0432, \u043f\u043e\u043a\u0440\u044b\u0432\u0430\u044f \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u043d\u044b\u0435 \u043b\u0438\u043d\u0438\u0438 \u0441\u0440\u0435\u0434\u0438 \u0437\u0435\u043b\u0435\u043d\u044b\u0445 \u0440\u0430\u0441\u0442\u0435\u043d\u0438\u0439. \u041c\u043d\u043e\u0436\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e \u0442\u0438\u043f\u043e\u0432 \u0440\u0435\u0433\u0443\u043b\u044f\u0442\u043e\u0440\u043d\u044b\u0445 \u044d\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432 (\u0432 \u0442\u043e\u043c \u0447\u0438\u0441\u043b\u0435, \u0433\u0438\u043f\u0435\u0440\u0447\u0443\u0432\u0441\u0442\u0432\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0435 \u0441\u0430\u0439\u0442\u044b \u043a DNase I, \u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u043d\u044b\u0435 \u0441\u043b\u0435\u0434\u044b \u0442\u0440\u0430\u043d\u0441\u043a\u0440\u0438\u043f\u0446\u0438\u043e\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0444\u0430\u043a\u0442\u043e\u0440\u043e\u0432 (\u0422\u0424), \u043f\u0438\u043a\u0438 \u0441\u0432\u044f\u0437\u044b\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0422\u0424, \u043c\u043e\u0434\u0438\u0444\u0438\u043a\u0430\u0446\u0438\u0438 \u0433\u0438\u0441\u0442\u043e\u043d\u043e\u0432 \u0438 \u043f\u043e\u0437\u0438\u0446\u0438\u0438 \u043d\u0443\u043a\u043b\u0435\u043e\u0441\u043e\u043c) \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0435\u043d\u044b \u0438\u0437 \u0432\u044b\u0441\u043e\u043a\u043e\u043f\u0440\u043e\u0438\u0437\u0432\u043e\u0434\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0442\u0435\u0441\u0442\u043e\u0432.
\nJin JP, Tian F, Yang DC, Meng YQ, Kong L, Luo JC and Gao G. (2017). PlantTFDB 4.0: toward a central hub for transcription factors and regulatory interactions in plants. Nucleic Acids Research, 45(D1):D1040-D1045.\n<\/td>\n<\/tr>\n

\n\"\"<\/td>\n\nGeneNet<\/strong><\/p>\n

URL:
\nhttp:\/\/wwwmgs.bionet.nsc.ru\/mgs\/gnw\/genenet\/GeneBrowser.shtml <\/a><\/p>\n

GeneNet — \u0431\u0430\u0437\u0430 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0440\u0435\u0433\u0443\u043b\u044f\u0442\u043e\u0440\u043d\u044b\u0445 \u0433\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0441\u0435\u0442\u0435\u0439, \u0432\u043a\u043b\u044e\u0447\u0430\u044f \u043d\u0435\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u0432\u0438\u0434\u044b \u0440\u0430\u0441\u0442\u0435\u043d\u0438\u0439 (\u0418\u0426\u0438\u0413 \u0421\u041e \u0420\u0410\u041d, \u041d\u043e\u0432\u043e\u0441\u0438\u0431\u0438\u0440\u0441\u043a).<\/td>\n<\/tr>\n<\/table>\n

Arabidopsis thaliana model databases:<\/h3>\n\n\n\n\n
\nPlant DNase I hypersenitive Sites (DHSs) Database. <\/strong><\/td>\nURL: http:\/\/plantdhs.org\/ <\/a><\/p>\n

\u0411\u0430\u0437\u0430 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0433\u0438\u043f\u0435\u0440\u0447\u0443\u0432\u0441\u0442\u0432\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0441\u0430\u0439\u0442\u043e\u0432 \u043a \u0414\u041d\u041a\u0430\u0437\u0435 I \u0443 \u0440\u0430\u0441\u0442\u0435\u043d\u0438\u0439 (Plant DNase I hypersenitive Sites — DHS). 3 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0440\u0430\u0441\u0442\u0435\u043d\u0438\u044f: \u0410\u0440\u0430\u0431\u0438\u0434\u043e\u043f\u0441\u0438\u0441, \u0440\u0438\u0441, \u0431\u0440\u0430\u0445\u0438\u043f\u043e\u0434\u0438\u0443\u043c.
\nZhang, T., Marand, A., Jiang, J.M. (2015) PlantDHS: a database for DNase I hypersensitive sites in plants. Nucleic Acids Res. 44: D1148-D1153 (2016)<\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n

\n\"\"<\/td>\nURL: http:\/\/www.athamap.de\/index.php<\/a><\/p>\n

\u0411\u0430\u0437\u0430 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 AthaMap \u043f\u0440\u0435\u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442 \u043f\u043e\u043b\u043d\u043e\u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u043d\u0443\u044e \u043a\u0430\u0440\u0442\u0443 \u0441\u0430\u0439\u0442\u043e\u0432 \u0441\u0432\u044f\u0437\u044b\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0442\u0440\u0430\u043d\u0441\u043a\u0440\u0438\u043f\u0446\u0438\u043e\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0444\u0430\u043a\u0442\u043e\u0440\u043e\u0432 \u0438 \u043c\u0430\u043b\u044b\u0445 \u0420\u041d\u041a \u0443 Arabidopsis thaliana. \u0424\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u043e\u043d\u0430\u043b \u043e\u043d-\u043b\u0430\u0439\u043d \u0438\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430 RNA Targets\u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u0435\u0442 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u044f\u0442\u044c \u0438\u0434\u0435\u043d\u0442\u0438\u0444\u0438\u043a\u0430\u0446\u0438\u044e \u0442\u0430\u0440\u0433\u0435\u0442\u043d\u044b\u0445 \u0433\u0435\u043d\u043e\u0432 (\u0433\u0435\u043d\u043e\u0432-\u043c\u0438\u0448\u0435\u043d\u0435\u0439) \u0434\u043b\u044f \u043c\u0438\u0420\u041d\u041a. \u0414\u043e\u043f\u043e\u043b\u043d\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0435 \u0438\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u044b: 190 \u0441\u043a\u0440\u0438\u043d\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439 \u0441\u043e\u043e\u0442\u0432\u0435\u0442\u0441\u0442\u0432\u0443\u044e\u0442 243 \u0433\u0435\u043d\u043e\u0432 \u043c\u0438\u0420\u041d\u041a \u0438 \u043d\u0430\u0431\u043e\u0440\u0443 \u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u043d\u044b\u0445 \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u043a\u043e\u0432. \u0418\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442 Small RNA Targets \u0441\u043f\u043e\u0441\u043e\u0431\u0435\u043d \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u044f\u0442\u044c \u0433\u0435\u043d\u044b-\u043c\u0438\u0448\u0435\u043d\u0438 \u043c\u0430\u043b\u044b\u0445 \u0420\u041d\u041a \u0438\u0437 \u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u043d\u044b\u0445 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a \u043c\u0430\u043b\u044b\u0445 \u0420\u041d\u041a. (\u041f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043d\u0435\u0435 \u043e\u0431\u043d\u043e\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u2013 2018)\n<\/td>\n<\/tr>\n

\n\"\"\n<\/td>\n\n Espresso <\/strong><\/p>\n

URL: http:\/\/bioinformatics.cs.vt.edu\/<\/a><\/p>\n

\u0412\u0435\u0431-\u0441\u0435\u0440\u0432\u0435\u0440 Expresso \u043f\u0440\u0435\u0434\u043d\u0430\u0437\u043d\u0430\u0447\u0435\u043d \u0434\u043b\u044f \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0432\u0437\u0430\u0438\u043c\u043e\u0434\u0435\u0439\u0441\u0442\u0432\u0438\u0439 \u0442\u0440\u0430\u043d\u0441\u043a\u0440\u0438\u043f\u0446\u0438\u043e\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0444\u0430\u043a\u0442\u043e\u0440\u043e\u0432 \u0438 \u0438\u0445 \u0433\u0435\u043d\u043e\u0432-\u043c\u0438\u0448\u0435\u043d\u0435\u0439 \u0443 \u0440\u0430\u0441\u0442\u0435\u043d\u0438\u0439 \u043f\u043e \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u043c ChIP-Seq. Expresso \u0441\u043e\u0434\u0435\u0440\u0436\u0438\u0442 20 \u043d\u0430\u0431\u043e\u0440\u043e\u0432 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 ChIP-Seq \u0438\u0437 \u0431\u0430\u0437\u044b \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 NCBI GEO.<\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n<\/table>\n

<\/p>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

\u0420\u0435\u0433\u0443\u043b\u044f\u0446\u0438\u044f \u0442\u0440\u0430\u043d\u0441\u043a\u0440\u0438\u043f\u0446\u0438\u043e\u043d\u043d\u044b\u043c\u0438 \u0444\u0430\u043a\u0442\u043e\u0440\u0430\u043c\u0438 \u0443 \u0440\u0430\u0441\u0442\u0435\u043d\u0438\u0439. \u041e\u0431\u0449\u0438\u0435 \u0431\u0430\u0437\u044b \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445: Plant Transcriptional Regulatory Map. URL:http:\/\/plantregmap.cbi.pku.edu.cn\/ \u041a\u0430\u0440\u0442\u0430 \u0442\u0440\u0430\u043d\u0441\u043a\u0440\u0438\u0446\u0438\u043e\u043d\u043d\u043e\u0439…<\/p>\n","protected":false},"author":3,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/sites.icgbio.ru\/plantgenomescollaboration\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/158"}],"collection":[{"href":"https:\/\/sites.icgbio.ru\/plantgenomescollaboration\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/sites.icgbio.ru\/plantgenomescollaboration\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/sites.icgbio.ru\/plantgenomescollaboration\/wp-json\/wp\/v2\/users\/3"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/sites.icgbio.ru\/plantgenomescollaboration\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=158"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/sites.icgbio.ru\/plantgenomescollaboration\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/158\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":276,"href":"https:\/\/sites.icgbio.ru\/plantgenomescollaboration\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/158\/revisions\/276"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/sites.icgbio.ru\/plantgenomescollaboration\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=158"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}