Разработчик

ФГБНУ ФИЦ ИЦиГ СО РАН

Авторы

Левицкий В.Г., Землянская Е.В.

Краткая характеристика

Программный комплекс (ПК) «GSGA» предназначен для дизайна синтетических цис-регуляторных элементов (полимеров) из последовательностей ДНК, содержащих отдельные сайты связывания (СС) целевого транскрипционного фактора (ТФ). ПК содержит блок создания полимера и блок его улучшения путем внесения однонуклетидных замен (ОНЗ). ПК генерирует популяцию решений, определенных для каждого блока как набор полимеров и набор паттернов ОНЗ для конкретного полимера, соответственно. ПК содержит блоки перекрестных тестов для выбора параметров модели, обучения модели, установки её порогов, сканирования тестовой ДНК.

Области возможного использования

ПК может быть использован в генетике для создания биосенсоров, то есть приборов, которые in vivo определяют присутствие химических веществ, которые также участвуют в клеточном метаболизме.

Степень готовности разработки к практическому применению

ПК готов к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

Удешевление процесса создания биосенсоров и улучшение их специфичности на этапе дизайна полимера (последовательности ДНК).

Сравнительные характеристики с известными разработками

Ранее дизайн полимеров производился ручным способом, а оптимизационные алгоритмы типа GSGA не применялись.

Защита разработки

Свидетельство о регистрации № 2021616696, зарегистрирована в Реестре баз данных 26.04.2021.