Программный комплекс для анализа сайтов связывания транскрипционных факторов (АССТФ/SFmotif)

Разработчик

ФГБНУ ФИЦ ИЦиГ СО РАН

Авторы

Долгих В.А., Землянская Е.В.

Краткая характеристика

Программный комплекс (ПК) предназначен для структурно-функционального анализа сайтов связывания транскрипционных факторов в ChIP-seq данных Arabidopsis thaliana L. ПК состоит из трёх функциональных модулей, последовательно осуществляющих (I) поиск обогащенных мотивов (формальная модель сайта связывания), (II) поиск составных элементов между ними, (III) оценку их взаимосвязи с транскрипционным ответом генов. ПК выдаёт в качестве выходных данных модели и изображения мотивов или составных элементов, их аннотацию и графики ассоциации с транскрипционным ответом.

Области возможного использования

ПК может быть использован в биоинформатических исследованиях функциональной роли сайтов связывания транскрипционных факторов в регуляции транскрипции генов.

Степень готовности разработки к практическому применению

Программа готова к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

Программный пакет SFMotif может быть использован для биоинформатического предсказания сайтов высоко функциональных связывания транскрипционных факторов, внесение мутаций в которые потенциально будет способно увеличивать урожайность растений. Данный подход к селекции сельскохозяйственно значимых признаков является частью методических подходов стратегии Plant breeding 4.0.

Сравнительные характеристики с известными разработками

Процедура структурно-функциональной аннотации сайтов связывания транскрипционных факторов и установления их связи с транскрипционным ответом реализована в пакете DeepSTARR. Данный пакет использует отличный от реализованного в SFMotif подход, основанный на технологиях глубокого обучения. Однако, на данный момент функционал DeepSTARR ограничен геномом Drosophila melanogaster, что делает его недоступным для исследования сайтов связывания транскрипционных факторов растений.

Защита разработки

Свидетельство о регистрации №2023660670, зарегистрирована в Реестре ПрЭВМ 23.05.2023. Номер и дата поступления заявки: 2023619067 10.05.2023 Бюл. № 6.