Патентообладатель: ФГБНУ «ФИЦ ИЦиГ СО РАН»

Авторы:

Левицкий В.Г., Миронова В.В., Лавреха В.В.

Краткая характеристика:

Программный комплекс (ПК) CisCross предназначен для выявления цис-регуляторных элементов (ЦРЭ), значимо обогащенных в тестовой выборке геномных районов, по отношению к выборке с контрольным содержанием ЦРЭ. Для работы ПК требуется библиотека с геномными разметками ЦРЭ разных типов и выборка контрольных районов. Вывод об обогащении ЦРЭ определённого типа делается на основе расчёта значимости обогащения их содержания в тестовой выборке по сравнению с контрольной. ПК содержит два блока расчёта значимостей: (1) по количеству районов, перекрывающих ЦРЭ, (2) по длине перекрывания ЦРЭ с районами. Расчёты значимостей обогащения в двух блоках, соответственно, выполняются с помощью точного теста Фишера и метода Монте-Карло.

Области возможного использования:

ПК может быть использован для выявления специфических транскрипционных факторов, сайты связывания которых, определённые по результатам массового секвенирования ChIP-seq, обогащены в промоторных районах генов, значимо изменяющих свою экспрессию по результатам анализа полного транскриптома RNA-seq.

Степень готовности разработки к практическому применению:

Программный комплекс готов к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

Основной экономический эффект от внедрения разработанной программы заключается в экономии средств при планировании экспериментов с транскриционными факторами, белками, связывающимися с ЦРЭ и специфически регулирующими экспрессию генов на этапе транскрипции.

Сравнительные характеристики с известными разработками

Расчёт значимостей по длине перекрывания ЦРЭ с районами ранее не применялся ни в одном из опубликованных ранее аналогичных ПК.

Патентная защита разработки: Свидетельство о регистрации № 2021619056, зарегистрирована в Реестре ПрЭВМ 03.06.2021, дата поступления заявки: 25.05.2021.