Разработчик

ФГБНУ ФИЦ ИЦиГ СО РАН

Авторы

Левицкий В.Г., Цуканов А.В.

Краткая характеристика

Программа SuppressBias предназначена для генерации выборки негативных последовательностей ДНК с целью подавления влияния фоновых мотивов обогащенных в геномной ДНК в целом при анализе обогащения мотивов в полногеномных данных массового секвенирования (например, результатах экспериментов ChIP-seq или RNA-seq). Для работы программе требуется позитивная выборка последовательностей ДНК, представляющих результат полногеномного эксперимента, и полный геном. Программа производит поиск в полном геноме последовательностей ДНК, соответствующих последовательностям позитивной выборки по длине и составу k-меров (коротких подпоследовательностей длины k). Программа содержит блок оценки распределения частот k-меров в позитивной выборке и блок генерации выборки негативных последовательностей ДНК. Программа генерирует выборку негативных последовательностей ДНК, в которой распределения длин и частот k-меров отражает таковые для позитивной выборки. Программа может учитывать k-меры длин от 1 до 4. Программа может быть использована для выявления обогащения отдельных мотивов или для поиска обогащённых мотивов с помощью подхода de novo.

Области возможного использования

Программа может быть использована  в биоинформатике и генетике для выявления обогащения отдельных мотивов или для поиска обогащённых мотивов с помощью подхода de novo.

Степень готовности разработки к практическому применению

Программа готова к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

Экономия средств при анализе результатов полногеномных экспериментов.

Сравнительные характеристики с известными разработками

В РФ аналогов нет, за пределами РФ есть аналог https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa928, однако его функциональные возможности ограничены.

Защита разработки

Свидетельство о регистрации №2022612715, зарегистрирована в Реестре ПрЭВМ 28.02.2022.