Разработчик

ФГБНУ ФИЦ ИЦиГ СО РАН

Авторы

Тяпкин А.В., Сидоренко А.Д., Землянская Е.В.

Краткая характеристика

Программа «InterTransViewer» включает в себя набор инструментов для интеграции, сравнительного анализа и визуализации профилей дифференциальной экспрессии генов. Базовые функции включают получение, объединение и пересечение списков дифференциально-экспрессирующихся генов (ДЭГ); построение диаграмм; выделение ДЭГ, уникальных для отдельного профиля. Дополнительно «InterTransViewer» позволяет строить тепловые карты на основе метрик сходства списков ДЭГ, проводить иерархическую кластеризацию профилей транскрипционного ответа и оценивать методом бутстрэп статистическую значимость различия количества ДЭГ в списках, полученных путем объединения множеств ДЭГ в различных условиях.

Области возможного использования

Программа может быть использована в биоинформатических исследованиях регуляции экспрессии генов, включающих анализ множества наборов данных дифференциальной экспрессии генов, полученных в различных экспериментальных условиях.

Степень готовности разработки к практическому применению

Программа готова к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

Облегчение общего описания и интерпретации данных профилей дифференциальной экспрессии.

Сравнительные характеристики с известными разработками

По сравнению с программой для контроля качества транскриптомных экспериментов перед проведением метаанализа MetaQC (https://doi.org/10.1093/nar/gkr1071), программа «InterTransViewer» осуществляет анализ иного набора параметров, дает широкие возможности для визуализации данных и проводит анализ на основе внутренних свойств профилей транскрипционного ответа, не полагаясь на внешние базы данных о метаболических путях, которые могут быть не изучены для некоторых организмов.

Защита разработки

Свидетельство о госрегистрации № 2023681227, дата регистрации 11.10.2023.