Разработчик

ФГБНУ ФИЦ ИЦиГ СО РАН

Авторы

Левицкий В.Г., Цуканов А.В.

Краткая характеристика

Программный комплекс (ПК) MetArea предназначен для поиска синергии мотивов, представляющих сайты связывания транскрипционных факторов (ТФ), на основе набора пиков, результата полногеномного эксперимента ChIP-seq по иммунопреципитации хроматина с антителами к ТФ и массового секвенирования ДНК. ПК производит расчёты меры точности (площадь под кривой рабочей характеристики приёмника, receiver operating characteristic, ROC) для двух входных моделей мотивов, затем строит их объединённую модель производит расчёт меры точности для неё. Если точность объединённой модели превосходит точность каждой из сочетаемых моделей, то предполагается их синергия, или их отношение к одному мультибелковому комплексу ТФ. ПК содержит блоки оценки точности входных моделей, построения объединённой модели, и оценки её точности.

Области возможного использования

ПК может быть использован для предсказания состава мультибелковых комплексов ТФ-ДНК, предсказания структурных вариантов мотива одного ТФ, а также совместной встречаемости мотивов разных ТФ.

Степень готовности разработки к практическому применению

Программный комплекс готов к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

Селекция новых видов растений, выявление новых потенциальных мишеней в разработке фармакологических препаратов.

Сравнительные характеристики с известными разработками

Из известных литературных данных не известно об аналогичных алгоритмах, направленных на выявление синергичного действия факторов транскрипции. Также ничего не известно о хотя бы приблизительных аналогах применённого алгоритма расчёта эффективности парных сочетаний мотивов по данным оценок точности отдельных мотивов с помощью кривых ROC.

Защита разработки

Свидетельство о госрегистрации № 2024661932, дата регистрации 22.05.2024, Бюл. № 6 Номер и дата поступления заявки: 2024660248, 06.05.2024.
.