Разработчик

ФГБНУ ФИЦ ИЦиГ СО РАН

Авторы

Вензель А.С., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко В.А.

Краткая характеристика

Программа предназначена для оценки изменения свободной энергии в предсказанной структуре белка. Программа предсказывает структуру белка с помощью генеративной нейросетевой модели “ESM3”, оптимизирует  предсказанную структуру белка и вносит в неё мутации, оценивая изменение свободной энергии у мутанта относительно дикого типа с помощью энергетических потенциалов “ref2015” из пакета “pyRosetta”.

Области возможного использования

Программа может быть использована в области генетики, молекулярной биологии, медицины и биотехнологии для выявления стабилизирующих и дестабилизирующих мутаций в белках.

Степень готовности разработки к практическому применению

Программа готова к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

Программа может применяться при проведении экспериментов по изучению влияния мутаций на структуру, свойства и функции белков, при решении ряда биотехнологических и биомедицинских задач, таких как дизайн вариантов белка с повышенной термостабильностью.

Сравнительные характеристики с известными разработками

Ключевым преимуществом программного средства является требование только к наличию последовательности белка с дальнейшим предсказанием структуры дикого типа и его мутантов со значениями изменения различных энергетических потенциалов, в том числе изменение свободной энергии структуры. Все методы, основанные на машинном обучении и требующие только последовательность, получают на выход только одно значение изменения свободной энергии структуры без получения структур белка дикого типа и мутантов, когда методы, требующие на вход только структуру белка, требуют наличие структуры, которую нужно отдельно предсказать либо получить из баз данных PDB или AFDB.

Защита разработки

Свидетельство о госрегистрации № 2024685504 , дата регистрации 30.10.2024, Бюл. № 11.  Номер и дата поступления заявки: 2024684501 21.10.2024