Разработчик

ФГБНУ ФИЦ ИЦиГ СО РАН

Авторы

Казанцев Ф.В., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А.

Краткая характеристика

В программе представлена серия вычислительных протоколов на языке Python в виде настроенных «блокнотов» среды Jupyter для исследования готовой потоковой модели бактерии. Входные данные для протоколов представляют из себя описание самой модели, условия среды культивирования и ограничения модели. Эти данные являются отдельными текстовыми и табличными файлами заданной структуры. Данные протоколы предназначены для массового компьютерного анализа потоковых моделей бактерий на высокопроизводительных вычислительных компьютерах. На выходе работы протокола создаются файлы с найденными результирующими потоками, удовлетворяющими ограничивающим условиям поиска, а также серия изображений с диаграммами решений. Параметры вычислений и визуализация возможных решений настраивается пользователем под конкретный вариант модели бактерии.

Области возможного использования

Программа может быть использована в организациях, занимающихся исследованиями в области системной биологии микробов и микробиологической биотехнологией для проверки вариантов условий среды культивирования и первичной оценки перспективных мутаций генов.

Степень готовности разработки к практическому применению

Программа готова к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

Данный инструмент позволяет проводить компьютерное моделирование перспективных воздействий на геном целевого микроорганизма.

Сравнительные характеристики с известными разработками

Готовый набор вычислительных протоколов, подстраиваемый под конкретную модель.

Защита разработки

Свидетельство о госрегистрации № 2024688219 , дата регистрации 26.11.2024, Бюл. № 12.  Номер и дата поступления заявки: 2024686513 06.11.2024.