Разработчик

ФГБНУ ФИЦ ИЦиГ СО РАН

Авторы

Бобровских А.В., Зубаирова У.С., Дорошков А.В.

Краткая характеристика

Программа предназначена для интегративного метаанализа транскриптомных данных Arabidopsis thaliana в ответ на избыточную освещенность (ИО). Программа реализована на языке программирования R, и опирается на ряд пакетов из репозиториев Bioconductor и CRAN. Она состоит из трех модулей, последовательно осуществляющих: 1) кластеризацию и классификацию экспериментов, функциональный анализ часто детектируемых дифференциально экспрессирующихся генов (ДЭГ), 2) выявление групп ДЭГ, специфичных условиям проведения эксперимента по ИО (длительность, интенсивность и т.п.), их функциональный анализ, построение тепловых карт экспрессии наиболее значимых согласно выбранному пользователем порогу, 3) реконструкция ассоциативных генных сетей ответа на ИО. При работе программа использует транскриптомные данные в виде матриц прочтений, а также табличный формат выдачи из базы данных «AraLightDEGs» (https://www.sysbio.ru/aralightdegs/search), выдавая результаты в виде графиков и таблиц с метаданными.

Области возможного использования

Программа может быть использована в биоинформатических исследованиях, посвященных идентификации генов, дифференциально экспрессирующихся  в фотосинтетических тканях A. thaliana в ответ на избыточную освещенность. Её функционал позволяет проводить совместный анализ массива данных, выявляя наиболее устойчивые ассоциации транскриптомной регуляции генов и конкретного типа стресса.

Степень готовности разработки к практическому применению

Программа готова к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

Автоматизация основных этапов анализа транскриптомных данных позволяет в сжатые сроки обобщать информацию, что ускоряет получение новых биологических знаний (выявление генных сетей стрессового ответа, списков ДЭГ и транскрипционных факторов).

Сравнительные характеристики с известными разработками

В отличие от универсальных биоинформатических пайплайнов (Galaxy, nf-core/rnaseq) или отдельных программных пакетов (edgeR, DESeq2, WGCNA), AraLightMeta представляет собой специализированное комплексное решение, заточенное под метаанализ ответа на избыточную освещенность у Arabidopsis thaliana.

Защита разработки

Свидетельство о регистрации №2025686808 зарегистрирована в Реестре ПрЭВМ 06.10.2025, Бюл. № 10, дата поступления заявки: : 2025684647  15.09.2025