Разработчик

ФГБНУ ФИЦ ИЦиГ СО РАН

Авторы

Ланшаков Д.А.

Краткая характеристика

База данных (БД) предназначена для хранения информации о представленности транскриптов в стволе мозга врослых крыс линии Вистар. БД содержит представленность транскриптов ствола мозга взрослых крыс до и после нормализации. Половина из каждой библиотеки для массового параллельного секвенирования (NGS) была нормализована дуплекс специфичной нуклеазой (ДСН) из камчатского краба, которая используется для удаления высоко представленных последовательностей. Однако метод основан на ренатурации ДНК, и элиминация последовательностей может быть не всегда линейной и легко предсказуемой.

Области возможного использования

База данных представляет интерес для широкого круга физиологов, нейробиологов и генетиков для поиска информации о представленности транскриптов и экспрессии генов в стволе мозга взрослых крыс линии Вистар. Данные могут быть использованы для последующего математического и статистического анализа. Также, БД может быть использована в анализе и планировании экспериментов с использованием нормализации NGS библиотек методами, основанными на ренатурации ДНК и обработкой дуплекс специфичной нуклеазой ДСН.

Степень готовности разработки к практическому применению

База данных готова к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

БД ускорит  и облегчит работу ученых физиологов и нейрофизиологов, тем самым создаст возможность сокращения затрат. Данные из данной БД могут быть использованы учеными в своих исследованиях, с использованием любых возможных методов анализа.

Сравнительные характеристики с известными разработками

Большинство существующих БД по транскриптому ствола мозга взрослых крыс требуют предварительной биоинформатической обработки, и кластерных вычислений. Например, SRX3720587: RNA-Seq of Rattus norvegicus: WAG strain, 3 months, brainstem (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX3720587[accn]). Либо, чаще всего представлены данные о транскриптоме ствола мозга мышей Mus. musculus. Данных о сравнительной представленности транскриптов после обработки дуплекс специфичной нуклеазой в доступе нет.

Защита разработки

Свидетельство о регистрации № 2023622875, зарегистрирована в Реестре баз данных 22.08.2023, Бюл. № 9, Заявка № 2023622559, дата поступления заявки: 04.08.2023.