Разработчик

ФГБНУ ФИЦ ИЦиГ СО РАН

Авторы

Клименко А.И., Кропочев А.И.

Краткая характеристика

Программа предназначена для оценки представленности ключевых экологических функциональных групп (ЭФГ) симбиотической микробиоты кишечника человека (СМКЧ) на основе анализа метагеномных или метатранскриптомных данных. Рассматриваемые функциональные группы включают в себя ацетогенов, сульфатредукторов, бутират-производящих и муцин-разлагающих бактерий. Входные данные представляют собой аминокислотный каталог функционально значимых генетических последовательностей (ФЗГП), идентифицирующих соответствующие ЭФГ, а также метагеномные или метатранскриптомные библиотеки секвенированных прочтений. Результаты работы программы представляют собой количественные оценки представленности ЭФГ в формате TPM (транскриптов на миллион) и в долевом соотношении между оцениваемыми функциональными группами.

Области возможного использования

Программа может использована в исследованиях, связанных с изучением СМКЧ для проведения дополнительного функционального анализа метагенома или метатранскриптома

Степень готовности разработки к практическому применению

Программа готова к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

Использование ЭкоСтруктСМКЧ позволяет получить количественные оценки представленности ключевых ЭФГ при проведении исследований симбиотической микробиоты кишечника в норме и патологии.

Сравнительные характеристики с известными разработками

Cравнение метода анализа  экологической структуры и инструмента функционального анализа микробиомов HumanN 3 на тестовых данных показало, что наш метод обладает большей полнотой и точностью по отношению к HumanN 3 при оценке представленности ЭФГ за счёт более аккуратной стратегии работы с прочтениями, которые могут быть выравнены на несколько референсных последовательностей

Защита разработки

Свидетельство о регистрации № 2023667854, зарегистрирована в Реестре баз данных 21.08.2023, Бюл. № 9 , Заявка №  2023666956, дата поступления заявки:  14.08.2023.