Разработчик
ФГБНУ ФИЦ ИЦиГ СО РАН
Авторы
Цуканов А.В., Левицкий В.Г.
Краткая характеристика
Программа «ОСДЭГ» предназначена для поиска обогащенных сайтов связывания транскрипционных факторов (ССТФ) в промоторах дифференциально экспрессирующихся генов (ДЭГ), на основе результата анализа полного транскриптома (эксперимент RNA-seq) и списка известных мотивов ССТФ. Для работы программе требуются результат эксперимента RNA-seq в виде списка ДЭГ, набор промоторов полного генома и список мотивов ССТФ из баз данных HOCOMOCO, CIS-BP и JASPAR. Сначала программа ОСДЭГ распознаёт мотивы ССТФ в промоторах полного генома, затем из этих промоторов на основе результата эксперимента RNA-seq отделяется тестовая группа промоторов ДЭГ. Фоновая группа, имеющая то же число промоторов, что и тестовая, многократно составляется случайным образом из списка остальных промоторов полного генома (не ДЭГ). На основе распределения вероятности распознавания мотивов ССТФ для фоновой выборки оцениваются статистические значимости их обогащения.
Области возможного использования
Программа может быть использована в биоинформатике для выявления обогащенных ССТФ в промоторах ДЭГ.
Степень готовности разработки к практическому применению
Программа готова к практическому применению.
Возможный технический и (или) экономический эффект
Экономия средств за счет снижения количества необходимых экспериментов. Поскольку обычно для выявления регуляторов необходимо провести ChIP-seq эксперимент для выявления ССТФ, а данный ПК позволяет ограничиться только RNA-seq экспериментом, чтобы выявлять ССТФ в промоторах
Сравнительные характеристики с известными разработками
Программа «ОСДЭГ» может выявлять обогащенные ССТФ, взятые из баз данных и оценивать значимость с помощью метода Монте-Карло. В сравнении с существующими аналогами, которые используют точный тест Фишера для оценки значимости, метода Монте-Карло позволяет оценивать значимость даже на небольшом количестве ДЭГ. Так же ПК «ОСДЭГ», в отличие от существующих программ, оценивает значимость обогащения ССТФ на широком диапазоне порогов распознавания для мотивов, что не делают существующие аналоги.
Защита разработки
Свидетельство о регистрации №2022663820, зарегистрирована в Реестре баз данных 20.07.2022.