Разработчик

ФГБНУ ФИЦ ИЦиГ СО РАН

Авторы

Бочарникова М.Е., Афонников Д.А.

Краткая характеристика

Программный комплекс «ОртоДОМ» включает в себя несколько ключевых блоков: 1. Сначала осуществляется валидация входных данных (в качестве входных данных используются протеомы исследуемых организмов, референсные белки искомого белкового семейства и их hmm-модели), проверка наличия функциональных доменов, заданных пользователем, у референсных белков. 2. Затем выполняется кластеризация генов организмов на ортогруппы и поиск ортогрупп, содержащих референсные последовательности. 3. И, наконец, проводится проверка найденных ортологов на наличие в их последовательностях заданных доменов. Результирующие данные конвейера — набор ортогрупп, включающие последовательности референсных белков.

Области возможного использования

Программный комплекс «ОртоДОМ» может быть эффективно использован молекулярными биологами и биоинформатиками для более глубокого анализа многодоменных белков в геномах различных организмов.

Степень готовности разработки к практическому применению

Программа готова к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

Автоматизация поиска ортологов семейств многодоменных белков с учетом фильтрации по ключевым доменам.

Сравнительные характеристики с известными разработками

По сравнению с программой Orthofinder более качественно определяет ортологи многодоменных белков за счет дополнительного этапа фильтрации. Если сравнивать результаты с БД OrthoDB, преимущество за счет того, что в программный комплекс ОртоДОМ можно загружать специфические протеомы, которых в БД OrthoDB нет.

Защита разработки

Свидетельство о госрегистрации № 2024686207 , дата регистрации 06.11.2024, Бюл. № 11.  Номер и дата поступления заявки: 2024684521 21 .10.2024