Разработчик

ФГБНУ ФИЦ ИЦиГ СО РАН

Авторы

Лашин С.А., Мустафин З.С., Казанцев Ф.В., Мухин А.М., Иванов Р.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А.

Краткая характеристика

Программа предназначена для проведения филостратиграфического анализа, позволяющего определить время возникновения генов за счёт сравнения филогенетических деревьев организмов, обладающих ортологичными к исследуемому генами, с помощью расчёта филостратиграфических индексов (phylostratigraphic age index – PAI). Программа позволяет анализировать как генные сети, так и списки генов. Если анализируется генная сеть, то программа визуализирует её. Также доступен режим для анализа метаболических путей, импортированных из баз KEGG Pathway и WikiPathways (для этого режима предусмотрены автоматический импорт и визуализация по идентификатору метаболического пути).

Примеры работы интерфейса Ортовеб». Примеры визуализации эволюционного анализа генных сетей

Области возможного использования

Программа может быть использована в организациях, занимающихся исследованиями в области системной биологии и биомедицины для решения фундаментальных и прикладных задач по анализу генных сетей и метаболических путей.

Степень готовности разработки к практическому применению

Программа готова к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

Работы по филостратиграфическому анализу заболеваний человека ведутся последние 10-15 лет несколькими группами. Новизна нашего подхода была именно в анализе генных сетей заболеваний человека, в частности, с помощью Orthoweb возможно проводить комплексный анализ генных сетей и метаболических путей из KEGG Pathway, Human Diseases, WikiPathways, ANDVisio и других.

Сравнительные характеристики с известными разработками

Программный комплекс Orthoweb является программным комплексом, позволяющим проводить филостратиграфический и филотранскриптомный анализ как отдельных генов, так и генных сетей, не требуя как знания языков программирования, так и установки тяжеловесных программ типа Cytoscape. Возможности интеграции дополнительных данных, таких как данные GO и SNP, а также экспрессионных данных, в эволюционный анализ генных сетей также не встречалась авторам проекта в научной литературе.

Защита разработки

Свидетельство о госрегистрации № 2024618826, дата регистрации 17.04.2024, Бюл. № 4 Номер и дата поступления заявки: 2024617362 04.04.2024.