Разработчик

ФГБНУ ФИЦ ИЦиГ СО РАН

Авторы

Лавреха В.В., Левицкий В.Г., Омельянчук Н.А.

Краткая характеристика

Программный комплекс (ПК) предназначен для реконструкции связей между транскрипционными факторами (ТФ), чьи районы связывания с ДНК обогащены в промоторах подавляемых и активируемых ими генов (дифференциально экспрессирующихся генов, ДЭГ), и контролируемыми ими биологическими процессами, обогащенными в списках тех же ДЭГ, для Arabidopsis thaliana L. Для работы ПК требуется библиотека полногеномных DAP-seq профилей связывания ТФ и выборка регуляторных районов генов (промоторов). ПК содержит блок расчета значимости обогащения районов связывания ТФ и блок выявления обогащенных терминов генной онтологии (ГО). На вход ПК принимает два списка ДЭГ: подавляемые и активируемые. На выходе ПК формируется файл табличного вида, в котором устанавливается взаимосоответствие между ДЭГ, регулирующими их экспрессию ТФ и обогащенными терминами ГО.

Области возможного использования

ПК может быть использован в биоинформатических исследованиях функциональной роли транскрипционных факторов в регуляции биологических процессов.

Степень готовности разработки к практическому применению

Программа готова к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

С помощью ПК на списках входных ДЭГ (активируемых и подавляемых) можно выявлять биологические процессы, стимулируемые различными стрессами или генетическими изменениями, и специфический набор транскрипционных факторов, участвующих в регуляции каждого из этих процессов у модельного вида Arabidopsis thaliana L. Полученные данные в последующем могут быть экстраполированы на сельскохозяйственные виды растений и использованы для улучшения показателей их урожайности

Сравнительные характеристики с известными разработками

Ключевым преимуществом ПК является автоматизация реконструкции связей между ТФ, чьи районы связывания с ДНК обогащены в промоторах подавляемых и активируемых ими ДЭГ, и контролируемыми ими биологическими процессами, обогащенными в списках тех же ДЭГ.

Защита разработки

Свидетельство о регистрации №2025665951 зарегистрирована в Реестре программ для ЭВМ 20.06.2025г., Бюл. №6, номер дата поступления заявки: 2025664272 06.06.2025.

.