Разработчик

ФГБНУ ФИЦ ИЦиГ СО РАН

Авторы

Иванисенко Т.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А.

Краткая характеристика

База данных «ЭНДДайджестДБ» предназначена для реконструкции коротких текстовых описаний предметных областей научных публикаций (дайджестов) в области наук о жизни, содержащих разметку молекулярно-биологических сущностей, а также информацию о динамиках роста/падения интереса к этим сущностям со стороны исследовательского сообщества.

Рис. 1. Схематическое изображение структуры базы данных ЭНДДайджестДБ

Области возможного использования

База данных может быть использована для подготовки научно-аналитических отчетов и обзоров, а также применяться в различных областях наук о жизни, включая биоинформатику, генетику, биотехнологию и другие.

Степень готовности разработки к практическому применению

База данных готова к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

Основной экономический эффект от внедрения базы данных заключается в ускорении и частичной автоматизации процесса интерпретации экспериментальных генетических данных, поиска ассоциаций между молекулярно-генетическими объектами, а также подготовки научно-аналитических отчетов, обзоров литературы в различных областях наук о жизни.

Сравнительные характеристики с известными разработками

В качестве примеров Баз Данных, обладающих схожим функционалом, можно привести Базы Данных Web of Knowledge (https://www.webofknowledge.com), Scopus (https://www.scopus.com), PubMed (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov), а также базы знаний систем PolySearch 2 (http://polysearch.ca), STRING (https://string-db.org), Pathway Studio (https://www.pathwaystudio.com), MetaCore (https://portal.genego.com), а также, разработанная в ИЦиГ СО РАН, система ANDSystem (https://www-bionet.sscc.ru/and/cell). Основное различие с БД ANDDigestDB заключается в используемых онтологиях, а также в структуре и форме представления данных. Кроме того, приведенные выше примеры не обеспечивают хранение текстов в форме, необходимой для быстрой генерации дайджестов. Кроме того, каждая из них основана на собственном уникальном онтологическом описании предметной области, имеющих существенные различия в используемых словарях, где каждый словарь соответствует отдельному типу объектов, а также набору синонимов для каждого объекта. Другим отличием является информация о взаимодействиях между объектами из этих онтологий. ANDDigestDB использует онтологию ANDSystem, но информация о взаимодействиях, хранящихся в базе, основана, в отличие от ANDSystem, на методе со-встречаемостей. Кроме того, ни одна из аналогичных баз не обеспечивает пользователя функционалом для осуществления поиска информации с использованием запросов, комбинирующих онтологические объекты и вводимые пользователем вручную дополнительные ключевые слова.

Защита разработки

Свидетельство о регистрации № 2020621827, зарегистрирована в Реестре баз данных 09.10.2020.