Разработчик

ФГБНУ ФИЦ ИЦиГ СО РАН

Авторы

Комышев Е.Г., Колошина К.А., Фомин И.Н., Колосовская Е.В.,  Генаев М.А., Эрст Т.В.,  Егорова А.В., Чалая Н.А., Рогозина Е.В.,  Герасимова С.В.

Краткая характеристика

База данных предназначена для хранения и аккумуляции данных фенотипов и генотипов диких видов картофеля и создана на основе образцов, полученных из Всероссийского института генетических ресурсов растений имени Н.И. Вавилова. База данных содержит: информацию о доступном типе материала в коллекции; описание каждого образца; протоколы и результаты данных фенотипирования, а также генетической идентификации каждого образца.

Схематическое изображение структуры базы данных «WildPetotaDB»

 

Области возможного использования

База данных  может быть использована при выборе материала для селекционной или биотехнологической работы.

Степень готовности разработки к практическому применению

База данных готова к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

База данных может быть применяться для аккумуляции хозяйственно-важных фенотипических данных образцов коллекций генетических ресурсов картофеля. Это позволит эффективно выявлять потенциальных доноров ценных признаков и вводить коллекционные образцы в селекционный процесс, что в конечном итоге послужит созданию новых сортов картофеля с улучшенными свойствами.

Сравнительные характеристики с известными разработками

Созданная структура базы данных WildPetotaDB предоставляет новый удобный формат доступа к фенотипическим и генотипическим данным образцов дикого картофеля. Имеющиеся базы данных, содержащие сведения о больших коллекциях дикого картофеля, как правило, не предлагают пользователю подробного фенотипического и генотипического описания, и если и содержат результаты предварительного тестирования признаков, то они суммированы в отдельных разделах и не связаны с карточками образцов напрямую. Разорванная структура данных существенно осложняет пользователям выбор материала для работы. Например, CGN potato collection (Нидерланды, https://www.wur.nl/en/Research-Results/Statutory-research-tasks/Centre-for-Genetic-Resources-the-Netherlands-1/CGN-potato-collection.htm) содержит отдельно карточку образца и отдельно результаты тестирований выборок образцов. База данных генбанка дикого картофеля Перу (https://cipotato.org/genebankcip/) хоть и позволяет вести поиск образца по фенотипическим данным, но финальные карточки образцов не дают представления о всех их свойствах и содержат только краткую общую информацию. Британская база данных Commonwealth Potato Collection (https://ics.hutton.ac.uk/germinate-cpc/#home) предоставляет преимущественно технические данные. Таким образом, новый, разработанный в рамках проекта формат представления данных об образцах дикого картофеля потенциально может оказаться широко востребованным и более удобным, чем существующие аналоги.

Защита разработки

Свидетельство о регистрации № 2021620100, зарегистрирована в Реестре баз данных 19.01.2021.