База данных дайджестов научных публикаций в области биологии (ЭНДДайджестДБ) / Database of digests of scientific literature in the field of biology (ANDDigestDB)

Разработчик

ФГБНУ ФИЦ ИЦиГ СО РАН

Авторы

Иванисенко Т.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А.

Краткая характеристика

База данных «ЭНДДайджестДБ» предназначена для реконструкции коротких текстовых описаний предметных областей научных публикаций (дайджестов) в области наук о жизни, содержащих разметку молекулярно-биологических сущностей, а также информацию о динамиках роста/падения интереса к этим сущностям со стороны исследовательского сообщества.

Рис. 1. Схематическое изображение структуры базы данных ЭНДДайджестДБ

Области возможного использования

База данных может быть использована для подготовки научно-аналитических отчетов и обзоров, а также применяться в различных областях наук о жизни, включая биоинформатику, генетику, биотехнологию и другие.

Степень готовности разработки к практическому применению

База данных готова к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

Основной экономический эффект от внедрения базы данных заключается в ускорении и частичной автоматизации процесса интерпретации экспериментальных генетических данных, поиска ассоциаций между молекулярно-генетическими объектами, а также подготовки научно-аналитических отчетов, обзоров литературы в различных областях наук о жизни.

Сравнительные характеристики с известными разработками

В качестве примеров Баз Данных, обладающих схожим функционалом, можно привести Базы Данных Web of Knowledge (https://www.webofknowledge.com), Scopus (https://www.scopus.com), PubMed (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov), а также базы знаний систем PolySearch 2 (http://polysearch.ca), STRING (https://string-db.org), Pathway Studio (https://www.pathwaystudio.com), MetaCore (https://portal.genego.com), а также, разработанная в ИЦиГ СО РАН, система ANDSystem (https://www-bionet.sscc.ru/and/cell). Основное различие с БД ANDDigestDB заключается в используемых онтологиях, а также в структуре и форме представления данных. Кроме того, приведенные выше примеры не обеспечивают хранение текстов в форме, необходимой для быстрой генерации дайджестов. Кроме того, каждая из них основана на собственном уникальном онтологическом описании предметной области, имеющих существенные различия в используемых словарях, где каждый словарь соответствует отдельному типу объектов, а также набору синонимов для каждого объекта. Другим отличием является информация о взаимодействиях между объектами из этих онтологий. ANDDigestDB использует онтологию ANDSystem, но информация о взаимодействиях, хранящихся в базе, основана, в отличие от ANDSystem, на методе со-встречаемостей. Кроме того, ни одна из аналогичных баз не обеспечивает пользователя функционалом для осуществления поиска информации с использованием запросов, комбинирующих онтологические объекты и вводимые пользователем вручную дополнительные ключевые слова.

Защита разработки

Свидетельство о регистрации № 2020621827, зарегистрирована в Реестре баз данных 09.10.2020.