Патентообладатель: ФГБНУ «ФИЦ ИЦиГ СО РАН»
Авторы: Зубаирова У.С., Верман П.Ю., Дорошков А.В.
Краткая характеристика:
Программа представляет собой дополнение к свободно распространяемой системе обработки изображений ImageJ. Программа осуществляет сборку целостного изображения из кадров и его обработку, позволяет выделять области, соответствующие клеткам и ядрам, редактировать, вычислять размеры и сопоставлять области клеток и ядер. Программа сохраняет результаты работы в виде изображений в формате tif и данных о размерах клеток и ядер в виде таблиц в формате csv.
Области возможного использования:
Программа «ЛСМ-В» может быть использована в научных и образовательных учреждениях для изучения клеточной структуры эпидермиса листа, а также для получения количественных данных для математических моделей процессов роста и морфогенеза, происходящих в тканях растений.
Степень готовности разработки к практическому применению:
Программа «ЛСМ-В» готова к практическому применению.
Возможный технический и (или) экономический эффект
Программа позволяет расширить функциональные возможности системы обработки изображений «ImageJ» в области обработки многокадровых многоканальных трехмерных изображений, полученных с помощью лазерного сканирующего микроскопа и записанных в формате lsm. Программа позволяет автоматизировать некоторые этапы анализа морфологии клеток эпидермиса листа злаков, обрабатывать многокадровые изображения, содержащие информацию о протяженных участках эпидермиса листа, благодаря чему по lsm-файлу можно получить данные о морфологии нескольких тысяч клеток.
Сравнительные характеристики с известными разработками
Известные разработки в области анализа изображений тканей растений посвящены другим объектам, например, программа «Areoana» позволяет анализировать структуру листа мха, программа «iRoCS» позволяет анализировать структуру корня. Программа «ЛСМ-В» учитывает особенности строения листа злаков, позволяет детектировать поверхность листа и выделять из 3D-изображения информацию о клетках эпидермиса.
Патентная защита разработки: Свидетельство о госрегистрации № 2018664932, зарег. 26.11.2018.