Патентообладатель: ФГБНУ «ФИЦ ИЦиГ СО РАН»

Авторы: Соколов В.С., Зураев Б.С., Генаев М.А.

Краткая характеристика:

Разработанная программа является web-приложением и реализует алгоритм расчета индекса эффективности элонгации трансляции (ИЭЭ), разработанного сотрудниками ИЦиГ СО РАН. Программа предоставляет удобный интерфейс для запуска, корректировки параметров и управления результатами расчетов.

Области возможного использования:

Генная инженерия, биотехнологии, теоретическая биология.

Степень готовности разработки к практическому применению:

Программа «EloE» готова к практическому применению

Возможный технический и (или) экономический эффект

Использование программы позволит на основании нуклеотидного состава генов определить их предполагаемую эффективность трансляции в различных одноклеточных организмах. Проводимая программой классификация организмов по пяти типам эволюционной оптимизации первичной структуры генов позволяет определить, какой из факторов (кодонный состав или вторичные структуры в мРНК) является основным в определении эффективности элонгации в конкретном организме.

Сравнительные характеристики с известными разработками

По сравнению с существующими программами, такими как «CodonW», программа «EloE» позволяет рассчитывать индекс ИЭЭ, оценивающий эффективность трансляции генов на основании учета как их кодонного состава, так и потенциальных вторичных структур в мРНК. Программа «CodonW» рассчитывает индексы, основанные на учете только кодонного состава генов. Дополнительным превосходством программы «EloE» является возможность с ее помощью построения профилей средних значений стабильности вторичных структур в районах старт- и стоп-кодонов трансляции.

Патентная защита разработки: Свидетельство о госрегистрации № 2014662021, зарег.19.11.2014.