Патентообладатель

ФГБНУ ИЦиГ СО РАН

Авторы

Лашин С.А., Афонников Д. А., Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Гунбин К.В.

Краткая характеристика

Путём анализа гомологичных генов (паралогов/ортологов), для каждого гена сети могут быть вычислены такие эволюционные характеристики, как предполагаемый филостратиграфический возраст гена и индекс селективного давления отбора (da/ds). Кроме того, гомологичные гены могут быть скомбинированы в кластеры для более удобной работы с ними.

Области возможного использования

Программа «Orthoscape» может быть использована для эволюционного исследования генных сетей и метаболических путей в фундаментальных, образовательных и прикладных целях.

Степень готовности разработки к практическому применению

Программа «Orthoscape» готова к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

Разработанная программа позволит исследователю лучше понять эволюционные особенности как отдельных генов, так и генной сети в целом, определять узкие места сети, а также сравнивать разные сети между собой, используя различные эволюционные характеристики.

Сравнительные характеристики с известными разработками

По сравнению с существующими программными системами для анализа биологических сетей, программа «Orthoscape» является наиболее популярной благодаря тому, что предоставляет сторонним разработчикам возможности по разработке дополнительных расширений (ранее плагины/plugins, с недавнего времени – приложения/applications) этой системы с их последующей интеграцией в систему. Программа «Orthoscape», разработанная как приложение Cytoscape, является первой и на сегодняшней день единственным приложением Cytoscape для исследования эволюционных характеристик генных сетей и метаболических путей.

Защита разработки

Свидетельство о регистрации № 2016663729, зарегистрирована в Реестре программ для ЭВМ 15.12.2016.